Svaki sustav reverzne osmoze bit će onečišćen i potrebno mu je čišćenje. Budući da obično ne postoji samo jedan zagađivač kada dođe do onečišćenja, tipični proces čišćenja obično uključuje dva koraka: čišćenje s niskim pH i čišćenje s visokim pH.
Različite zagađivače treba čistiti različitim sredstvima za čišćenje. Alkalno čišćenje se uglavnom koristi za uklanjanje mikroorganizama ili organskih zagađivača, a kiselo čišćenje se uglavnom koristi za uklanjanje kamenca. Sredstvo za čišćenje treba odabrati prema vrsti zagađivača i vrsti membrane kako bi se izbjeglo oštećenje membrane.
Redoslijed upotrebe sredstava za čišćenje treba odrediti prema stvarnim problemima. Uobičajeni redoslijed čišćenja je prvo ispiranje kiselinom, a zatim ispiranje lužinom.
U nekim slučajevima, ako je onečišćenje uglavnom organska tvar ili mikroorganizmi, prvo se može provesti alkalno pranje, nakon čega slijedi kiselo pranje, a zatim alkalno pranje.
Važan razlog za korištenje alkalnog pranja kao zadnjeg koraka je taj što može u potpunosti otvoriti pore membrane nakon kiseljenja, kako bi se obnovio protok vode.
